El Convenio Marco, se desarrollará de acuerdo a las 3 etapas establecidas en el mismo: etapa de libre circulación de bienes y facilitación del comercio, etapa de modernización y convergencia normativa y la etapa de desarrollo institucional.
La primera etapa está relacionada con la promoción de la libre circulación de bienes, cuyos objetivos principales son garantizar el cumplimiento de las medidas ya establecidas para mejorar el libre comercio intra-regional y agilizar la circulación de las mercancías producidas en Centroamérica y fuera de ella. Esta etapa requerirá de mejoras de los actuales sistemas informáticos, logísticos y de infraestructura que permitan a cada Estado administrar y recaudar de manera eficiente y efectiva los tributos que genere el comercio exterior. Así mismo se desarrollará un régimen común de medidas de controles sanitarios y fitosanitarios
En la facilitación del comercio en la región se pretende entre otros aspectos, no sólo establecer una interconexión informática entre aduanas; sino además establecer facilidades de documentación aduanera; facilidades de logística y de infraestructura y facilitación del tránsito internacional de las mercancías.
En lo referente a Normativas se buscará convergencia en temas como Armonización arancelaria, Restricciones no arancelarias, Régimen Aduanero, Régimen Tributario, Régimen de Origen, Propiedad Intelectual, Comercio de Servicios e Inversión y Cooperación
En estas etapas se establece el libre comercio intrarregional y agilización de la circulación en el territorio aduanero de las mercancías originarias y no originarias, armonización arancelaria, tributaria y aduanera.
DECRETO A.N. No. 5679